법무법인어울림

2014년 지방세법은 대대적인 개편을 하여 종전 법인세의 10%를 납부하면 되었던 법인세분 지방소득세가 별도의 과세표준과 세율을 가지는 법인지방소득세로 바뀌었습니다.

이 과정에서 종전에 법인세의 공제, 감면을 받던 법인이 개편된 세제에 따라 지방소득세에서 그 혜택을 받지 못하게 되자, 구법을 적용하여야 한다고 주장하며 전국적으로 경정청구와 소송을 제기하였습니다.
하급심들은 각기 결론을 달리하는 판결을 내어 놓았고, 금번 대법원에서 최종 정리되었습니다.

본 법무법인 어울림이 맡은 사안은 다음과 같습니다.

외국인투자기업이 투자하여 설립한 원고는 기재부장관으로부터 조세감면 결정을 받고 1,992억원 상당의 유상증자를 시행하였으며, 증자분에 관련하여 2014, 2015사업연도 법인세를 신고하고, 법인지방소득세를 신고한 후 경정청구하였습니다.

위 사건에서 본 법무법인은 과세관청을 대리하였는데, 2심에서는 과세관청의 패소 판결을 하였으나 대법원에서 2심 판결을 파기하고 환송하여 40억원 상당의 지방재정을 지켜내었습니다.

주 내용은 다음과 같습니다.

[대법원 2023. 12. 14. 선고 2023두50738 판결]

원심은 지방소득세 법인세분의 산출방법에 관한 구 지방세법 제85조, 제89조 외에도 법인세액을 산출하는 법인세법 규정과 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등과 같은 법인세 감면규정이 일체로서 이 사건 경과규정의 '종전의 규정'에 해당하고, 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등이 법인세 뿐만 아니라 지방소득세 법인세분에 대하여도 7년이라는 장래의 한정된 기간 동안 조세감면을 명시한 규정에 해당한다는 이유로, 위 구 지방세법 및 구 조세특례제한법 규정들에 대한 원고의 기득권 또는 신뢰보호를 위해 2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과 규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였다.

그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

1) 이 사건 경과규정은 2014년 개정에 따른 신·구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 '종전의 규정'은 2014년 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 2014년 개정 대상이 되지도 않았던 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등은 위 '종전의 규정'에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 또한 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등은 법인세에 대한 감면 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.

3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.

4) 결국 이 사건에는 '장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정'이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2015사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다. 그런데도 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 저용하여야 한다는 전에에서 이 사건 거부 처분이 위법하다고 본 원심의 판단에는 이 사건 경과 규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.